洁净室净化工程的建设方案包括：建筑布局和装修、空气调节、给排水、气体供应、电气设计、集中控制、安防、施工工艺、检测、培训等多方面内容，特别是对该方案的以下几个方面要做极为充分考虑：
★ 建筑布局和装修方案：是洁净室净化工程安全运行的基础。由于微生物病菌的危险性，必须防止危险性微生物向外界扩散，全面地阻断危险性微生物与外部环境的接触途径，同时避免微生物受外界污染，影响实验结果的准确性，必须采取合理的实验室布局和装修方案。实验室布局按照安全要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散；实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净室净化工程始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁消毒，同时避免外部对实验室环境的破坏。
★ 空气调节系统：是洁净室净化工程安全运行的关键。由于洁净室净化工程内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净室净化工程的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和安全，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在安全的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。
★ 控制系统：是整个洁净室净化工程安全运行的神经中枢。由于洁净室净化工程的实验对象是危险性的微生物，出于严格控制污染的原则，它要求以最少的维护人员，运用最优化的管理维护手段，来实时监控每一个实验室中设备所处的物理环境，保证实验室运行过程中始终处于相对负压环境，防止危险性微生物外泄。
★ 检测方案：是洁净室净化工程长期安全运行的保证。由于洁净室净化工程的特殊性，除了进行严格的设计、施工、调试外，为确保其安全性，必须对其进行必要的工程检测和严格的验收，达到安全要求和使用要求后才可投入运行。另外，使用过程中的一些因素，如非专业的管理和使用，高效过滤器的更换等，都会对实验室的安全性产生影响，因此，使用中的定期检测与同样重要。
★ 培训方案：由于洁净室净化工程中的实验人员通常都是医学专家，对于实验室整个系统原理不一定十分了解，通过培训方案，让所有实验室工作人员了解整个系统的特点，掌握其运行规律，可以及时发现安全隐患，并及时做出相应的应急处置，控制住事态的进一步恶化，对减轻后续维修工作的难度是有很大帮助的。
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